Муниципальное учреждение здравоохранения «Туапсинский городской центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями» создано на основании постановления главы г. Туапсе от 02.08.2005 г. № 1507 в соответствии с Федеральным Законом «О некоммерческих организациях», с Основами Законодательства РФ «Об охране здоровья граждан» и другими нормативными актами.

С 24.10.2007 г. МУЗ «Туапсинский городской центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями» переименовано в Государственное учреждение здравоохранения «Центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями №2» департамента здравоохранения Краснодарского края и является самостоятельным государственным учреждением, созданным в соответствии с законодательством и приказами Минздравмедпрома России, является основным звеном службы профилактики и борьбы с ВИЧ в системе Минздравмедпрома России.

На основании приказа министерства здравоохранения Краснодарского края № 5372 от 18.10.2013 года «О переименовании подведомственных учреждений» учреждение переименовано в Государственное бюджетное учреждение здравоохранения «Центр профилактики и борьбы со СПИД № 2» министерства здравоохранения Краснодарского края.